Za 28-godišnjeg Portugalca zanimali su se brojni Europski klubovi, medju kojima je bio i novi Europski prvak Chelsea, te Barcelona i PSG, no Joao Pereira odlucio se svoju karijeru nastaviti u redovima "Šišmiša". Cijena transfera je "malih" 3.6 milijuna eura, zbog toga jer je Portugalac krocio u zadnju godinu ugovora sa Sporting Lisabonom.
Nogometni menadžer - Postani menadžer u ovoj besplatnoj nogometnoj igri
Valencia je vrlo brzo pronašla zamjenu za Miguela koji ce kao slobodan igrac napustiti klub. Joao Pereira karijeru je zapoceo u Benfici. Tamo se nije previše iskazao stoga je bio prisiljen napustiti Benficu i prijeci u redove Gil Vicentea, gdje su ga zamjetiti skauti Brage za koju je igrao 2 godine. 2009. je prešao u Sporting Lisabon gdje je pružao svoje najbolje utakmice. Joao Pereira je takodjer i povremeni Portugalski reprezentativac, te je za nacionalnu selekciju odigrao 13 utakmica.
