1900. - 2000.
Stoljece uspjeha
Prvih sto godina Bayernove povijesti i uspješne price pocinju i završavaju sa imenom Franz. Zanimljiva je slucajnost da se voða jedanaest "pobunjenika", koji su se u noci 27. veljace 1900. sastali u restoranu Gisela kako bi se razdvojili od kluba MTV 1879. i osnovali FC Bayern, zvao Franz (Franz John), jednako kao i legendarni Kaiser (Franz Beckenbauer), koji je u ulozi predsjednika uveo klub u novi milenij.
Puno vremena i puno razlika razdvajaju sadašnju i tadašnju situaciju. Franz John osnovao je sa svojim prijateljima Bayern iz nicega i bio je oduševljen relativno skromnim rezultatima, poput pobjede rezultatom 7:2 u prvoj utakmici protiv svog bivšeg kluba MTV 1879. U njegovim pocecima, ljudi su Bayern, tada poznat kao Schwabinger Bayern, prepoznavali po slamnatim šeširima koje su nosili njegovi nogometaši. Franz Beckenbauer, s druge strane, bio je jedan od onih koji su pridonijeli da ovaj klub postane ono što danas jest - meðunarodno poznat i uspješan klub sa milijunima navijaca, institucija koja je davno prerasla okvire njemackog nogometa.
cak niti u najluðim snovima Franz John nije mogao predvidjeti da ce klub koji je osnovao imati takvu buducnost ili da ce jednog dana postati prvakom Njemacke, Europe, pa cak i svijeta. Nije mogao ni zamisliti da ce se stoljece kasnije, u rano proljece 1999. godine, Beckenbauer sastati sa vodecim svjetskim politicarima, te da ce mu britanski premijer Tony Blair došapnuti kako je upravo on najpoznatija osoba na tom sastanku. Ocito je, nešto se nevjerojatno dogodilo u sto godina izmeðu vremena dva Franza.
Prvi uspjesi
Prica pocinje u veljaci 1900. godine, sa Franzom Johnom i 18 igraca, prvih od mnogih koji ce ponijeti dres Bayerna. Uzlazna putanja za klub zapocinje od 1907. godine, kada je klub preselio u novi dom, Bayern Ground u minhenskoj ulici Leopoldstrasse. U lokalnom rivalu, FC Wackeru, shvatili su u kojem se pravcu stvari razvijaju kada su u prvoj utakmici sezone poraženi sa 8:1.
Bayernov prvi uspjeh bio je to što su postali najjaci klub u Munchenu, a njihove su utakmice gledatelji na stadionu Bayern Ground gledali sa primjereno ureðenih tribina. Prvi pravi uspjeh stigao je 1910. godine, kada je klub postao prvak istocne regije. Sljedece godine, Bayern je obranio taj naslov bez izgubljene utakmice, a igrajuci u kratkim šorcevima izazivali su smijeh publike. Vec tada imali su u momcadi i prve reprezentativce. Max 'Gaberl' Gablonsky prvi je obukao dres reprezentacije u porazu u utakmici protiv belgije 16. svibnja 1910. godine. Nakon toga, stvari su se razvijale brzo. Do 1920. godine Bayern je imao 700 registriranih clanova i postao je ono što je ostao i do današnjeg dana: Najveci minhenski nogometni klub.
1926. godine momcad je osvojila naslov prvaka Južne Njemacke, a 1932. godine stigao je i prvi naslov prvaka države. U finalu je pobijeðen Eintracht Frankfurt rezultatom 2:0, a strijelci su bili Rohr i Krumm. Glavne zvijezde momcadi u to vrijeme bili su Heidkampf i Breindl, a ulogu trenera, fizioterapeuta, tajnika i menadžera kluba ujedinio je u jednoj osobi Richard Dombi.
Bayern je uskoro postao poznato ime u cijeloj Njemackoj, ali sa pocetkom drugog svjetskog rata 1939. godine zamrle su nogometne aktivnosti, a dugo je trebalo da nogomet i sport u Njemackoj uopce doðe ponovno na istu razinu.
Razdoblje rekonstrukcije
Nakon ovog katastrofalnog razdoblja u povijesti, njemackom je nogometu trebao odreðeni period za oporavak. Trebalo je punih devet godina da se ponovno stvori nogometna euforija, kada se njemacka reprezentacija sa Svjetskog prvenstva u Švicarskoj vratila kao pobjednik.
Momcad izbornika Seppa Herbergera osvojila je prvi naslov svjetskog prvaka za tu državu, no finalna utakmica protiv Maðarske ostala je u lošem sjecanju za kapetana Bayerna, Jakoba Streitlea, koji je sa klupe gledao kako Fritz Walter i suigraci pobjeðuju Maðare.
Prošlo je, ipak, još dosta vremena prije nego što su nogometaši Bayerna postali neizbježni dio njemacke reprezentacije, iako je Bayern 1957. godine osvojio njemacki kup. U utakmici pred 42 000 gledatelja na rasprodanim tribinama Rosenau stadiona u Augsburgu, kapetan Bayerna Jobst odveo je svoju momcad do pobjede rezultatom 1:0 protiv Fortune iz Dusseldorfa. No, nakon tog uspjeha uslijedio je kraci period bez trofeja. Sa graðevinskim magnatom Wilhelmom Neudeckerom na celu, Bayern je 1963. godine doživio razocaranje, buduci da im nije dozvoljeno da se natjecu u novoosnovanoj Bundesligi.
Meðutim, dvije godine kasnije Bayern je projurio kroz drugu ligu i ušao u najbolji razred njemackog nogometa, predvoðen trenerom Zlatkom 'cikom' cajkovskim, koji je preminuo 1988. godine. Klub je nakon toga ušao u fenomenalno razdoblje razvoja i napretka, kada je polucio igrace poput Franza Beckenbauera i brojnih drugih velikih imena klupske povijesti.
Beckenbauer je stigao u Bayern umjesto u Munchen 1860 nakon svaðe sa ljudima iz tog kluba, a cajkovski mu je dao priliku u doigravanju za prvu ligu. Iza njegovih leða, na golu je stajao legendarni Sepp Maier, ispred njega, u napadackim redovima, stajao je mladic imena Gerd Müller i to je bila osovina koja je Bayernu donijela slavu.
Sezonu 1965./66. Bayern je završio na trecoj poziciji Bundeslige, a Beckenbauer i Maier su nagraðeni pozivom u reprezentaciju, koja je otputovala u Veliku Britaniju, gdje su u finalu svjetskog prvenstva poraženi od domacina, Engleske.
No, Bayernova sezona nije završena bez trofeja, buduci da su osvojili svoj drugi naslov pobjednika kupa, pobjedom rezultatom 4:2 protiv SV Meiderichera, pred pocetak svjetskog prvenstva. Pred 60 000 gledatelja na stadionu u Frankfurtu, golove su postigli Ohlhauser, Beckenbauer i Brenninger (2).
1967. Bavarci su osvojili i svoj prvi europski naslov. Odmah nakon još jedne pobjede u finalu domaceg kupa (4:0 protiv Hamburga), Bayern je pogotkom Franza 'Bika' Rotha, covjeka koji je redovno postizao kljucne golove, u 109. minuti finalne utakmice protiv Glasgow Rangersa, osvojio naslov pobjednika Kupa Pobjednika Kupova. San je postao java na stadionu u Nurnbergu.
1968. - 1976.
Zlatne godine
1968. je bila godina promjena. Branko Zebec je preuzeo trenersku ulogu od cajkovskog i odmah je igracima zabranio konzumaciju piva. Iako su neki strucnjaci zbog takvih mjera predviðali loše rezultate, pobjede nisu izostale. Ovog puta Bayern je osvojio pravu dvostruku krunu: domace prvenstvo, uz osam bodova prednosti ispred Alemannie Aachen, i domaci kup, zahvaljujuci pobjedi u finalu protiv Schalkea.
U meðuvremenu, na scenu je stigla momcad koja ce Bayernu predstavljati žestoku konkurenciju u godinama koje dolaze - Borussia Moenchengladbach. Borussia je uzela naslove državnog prvaka 1970. i 1971. godine, oba puta ispred Bayerna.
Kada je Bayern 1972. godine vratio naslov prvaka, ovoga puta na novom Olimpijskom stadionu i predvoðen trenerom Udom Lattekom, bilo je više razloga za slavlje. Gerd Müller je bio na vrhu ljestvice strijelaca, sa cak 40 postignutih golova, a momcad je oborila i bundesligaški rekord po broju osvojenih bodova. Bilo je gotovo neizbježno da Bayern osvoji i njemacki kup, što su i ostvarili pobjedom u produžecima finalne utakmice protiv Kölna rezultatom 2:1. 
Pod Lattekovim vodstvom su stigla još dva naslova prvaka, a 1974. godine je stigao i najveci trijumf - naslov europskog prvaka. Schwarzenbeck (Macak), izjednacio je u finalnoj utakmici protiv Atletico Madrida na 1:1 u posljednjim sekundama utakmice u Brusselu, osiguravši tako ponovljenu utakmicu, koju je Bayern pobijedio rezultatom 4:0. Strijelci su bili Uli Hoeness i Gerd Müller po dva puta.
Iste godine Njemacka je postala svjetski prvak, pobjedom u minhenskom finalu protiv Nizozemske. Šest Bayernovih igraca bilo je na terenu u finalnoj pobjedi rezultatom 2:1 - Maier, Beckenbauer, Schwarzenbeck, Breitner, Hoeness i Müller. Dvojica su bili strijelci - Breitner sa bijele tocke i Müller nezaboravnim udarcem iz okreta.
Iako su na novi naslov u domacem prvenstvu cekali do 1980. godine, na meðunarodnom planu su stigla tri nova trofeja. 1975. godine su ponovno postali prvaci Europe, zahvaljujuci pobjedi rezultatom 2:0 u pariškom finalu protiv Leedsa (strijelci Roth i Müller), a zatim ponovno 1976., kada su u finalu u Glasgowu pobijedili St. Ettiene (1:0, strijelac Roth). Oba puta sa klupe ih je predvodio trener Dettmar Cramer. Treci naslov bio je naslov svjetskog klupskog prvaka, koji je osvojen 1976. godine pobjedom rezultatom 2:0 u finalu protiv Belo Horizontea.
Bili su to ujedno i posljednji Bayernovi europski naslovi u proteklom stoljecu.
1977. - 1990.
Promjene i novi pocetak
1977. je bila godina promjena, ali i godina bez trofeja. Franz Beckenbauer je rekao privremeno 'zbogom' klubu i karijeru nastavio u New York Cosmosu, a godinu kasnije preko Atlantika se otisnuo i Gerd Müller, koji je prešao u Fort Lauderdale.
1979. godine, sa samo 27 godina, Uli Hoeness je postao menadžer, a Guyla Loranta je na mjestu trenera naslijedio Pal Cernai. Predsjednik kluba Neudecker, napustio je tu poziciju nakon što je momcad odbila kao trenera prihvatiti Maxa Merkela. Novi predsjednik postao je Willi Hoffman. 
Uslijedila su bolja vremena. 1980. dvojac Paul Breitner i mladi Karl-Heinz Rummenigge, poznati pod nadimkom 'FC Breitnigge', odveli su Bayern do prvog naslova prvaka nakon šest godina, a godinu dana kasnije naslov se ponovno vratio u Munchen. U obe sezone pozicije od drugog do cetvrtog mjesta zauzeli su HSV, Stuttgart i Kaiserslautern.
1982. je donijela legendarnu utakmicu finala kupa protiv Nurnberga, koju je Bayern pobijedio rezultatom 4:2, nakon što je gubio 0:2. Dieter Hoeness je kraj utakmice docekao okrvavljen i u zavojima, ali je ipak doprinio preokretu jednim svojim pogotkom. Iste godine u finalu Kupa prvaka bolja je bila Aston Villa, koja je u finalu u Rotterdamu pobijedila rezultatom 1:0.
I njemacka je reprezentacija poražena u finalu svjetskog prvenstva protiv Italije, a Breitner je ušao u povijesne knjige kao jedini njemacki nogometaš koji je postizao golove u dva finala svjetskih prvenstava.
Svi Bayernovi uspjesi nisu protekli i bez nagrada za igrace - 11 puta su nogometaši Bayerna proglašavani najboljim nogometašima Njemacke od 1965. do 1981. godine, Beckenbauer (4 puta), Maier (3), Muller (2), te Rummenigge i Breitner po jednom.
1983. godine u klub se vratio Lattek. Godinu dana kasnije, Bayern je u finalu kupa pobijedio Borussiu Moenchengladbach nakon izvoðenja jedanaesteraca. Posljednji strijelac sa bijele tocke za Borussiu bio je Lothar Matheus, koji je nakon toga prešao u Bayern. U isto vrijeme, Kalle Rummenigge je prešao u Inter za rekordnu odštetu od 11 milijuna maraka.
Godinu dana kasnije, predvoðen novim igracima Sörenom Lerbyem i mladim Wiggerlom Köglom, Bayern je osvojio naslov njemackog prvaka. Dr. Fritz Scherer je preuzeo ulogu menadžera i 1987. donio još jedan naslov prvaka. No, neocekivani poraz od Porta rezultatom 2:1 u finalu Lige prvaka i Becu uništio je moral momcadi.
1991. - 1999.
Pripreme za ulazak u sljedeci milenij
Heynckes je napustio klupu u sezoni 1991./92., a naslijedio ga je Sören Lerby. Meðutim, Bayern nije napredovao, a prijetilo je cak i ispadanje iz Bundeslige, te je trenersku ulogu preuzeo Erich Ribbeck. Franz Beckenbauer i Karl-Heinz Rummenigge, koji su sami ponudili svoju pomoc, došli su na mjesta predsjednika i potpredsjednika kluba. U sezoni 1993./94. Kaiser je uskocio na mjesto trenera umjesto nesretnog Ribbecka, a Bayern je uzeo prvenstvo.
Uslijedila je era Giovannija Trapattonija, koji je postao popularan meðu igracima i medijima, ali nije donio rezultate koji su se od njega ocekivali i zbog kojih je doveden. Umjesto toga, Bayern je u sezoni 1994./95. završio kao šesti, a u polufinalu Lige prvaka poraženi su od Ajaxa. Stoga je umjesto Trapattonija stigao Otto Rehhagel, a uz njega i zvijezde poput Klinsmanna, Herzoga i Sforze.
Ali i Rehhagel je morao otici u drugom dijelu sezone, iako je Bayern izborio nastup u finalu Kupa UEFa u dva nezaboravna polufinala protiv Barcelone. Nakon remija rezultatom 2:2 na Olimpijskom stadionu, izgledalo je kao da je sve gotovo. Meðutim, uzvratna utakmica na Camp Nou stadionu pretvorila se u pobjednicku paradu. Babbel i Witeczek su postigli golove za Bayernovu pobjedu rezultatom 2:1 16. travnja 1996., a o toj pobjedi navijaci i danas pricaju.
U finalu je Bayern pobjedama 2:0 i 3:1 protiv Bordeauxa došao do naslova pobjednika Kupa UEFA, ali u domacem prvenstvu naslov je pripao Borussiji Dortmund.
U klub se ponovno vratio Giovanni Trapattoni. Dodatne dvije godine na klupi Bayerna donijele su mu dva nova trofeja: naslo prvaka 1997. i naslolv pobjednika kupa 1998. Kada je Maestro ponovno odlazio, cijeli grad mu je odao poštovanje. Zaslužio je mjesto u srcima navijaca zahvaljujuci strastvenosti i zanimljivim i iskrenim izjavama.
Naslijedio ga je Ottmar Hitzfield i vec prva sezona bila je gotovo savršena, s obzirom da je osvojio domaci naslov prvaka i momcad doveo do finala u domacem kupu i Ligi prvaka. Ali poraz protiv Manchester Uniteda u finalu Lige prvaka u Barceloni u posljednjim sekundama utakmice ostavio je gorak okus u ustima. Mogu li Hitzfield, Effenberg i ostatak momcadi ostvariti ono što su propustili u sljedecoj sezoni, koja ukljucuje i proslavu stotog roðendana 27. sijecnja? Timing bi bio idealan.
1988. je stigao Jupp Heynckes, sa zadatkom izgradnje nove momcadi, nakon odlaska Matthäusa, Brehmea, Edera, Hughesa, Michaela Rummeniggea i Pfaffa. Iako je Heynckes donio domace naslove 1989. i 1990., izostali su europski uspjesi. Ipak, kada je Njemacka 1990. godine postala svjetski prvak, u reprezentaciji je bilo šest igraca Bayerna: Augenthaler, Reuter, Thon, Kohler, Pflügler i Aumann.
2000. - 2003.
Emocije, drama i slava
Bayern je sa momcadi izgraðenom oko Olivera Kahna, Stefana Effenberga i Giovanea Elbera novi milenij otvorio spektakularno, osvojivši Ligu prvaka, domace prvenstvo, svjetsko klupsko prvenstvo i njemacki kup.
Dugogodišnji rivali, madridski Real, osjetili su Bayernovi odlucnost pocetkom 2000. godine, kada su im Bavarci u dvije utakmice utrpali cak osam golova u dvije utakmice. Dvije su se momcadi srele i u polufinalu godinu dana kasnije, ali Real se uspio osvetiti pobjedom od 2:0 na svom terenu i porazom od 1:2 u Munchenu, gdje su uspjeli postici kljucni gol u gostima.
Hitzfieldova momcad ipak je te sezone uspjela doci do jednog trofeja - naslova domaceg prvaka, nakon što su u posljednju utakmicu sezone ušli gotovo izjednaceni sa Bayer Leverkusenom. Apotekari su doživjeli šokantni poraz od Unterhachinga, dozvolivši Bayernu da ih prestigne u foto-finišu. Tjedan dana kasnije, Bavarci su se osvetili Werderu za poraz u finalu kupa godinu dana ranije pobjedom od 3:0 u berlinskom finalu, cime su ostvarili trecu domacu dvostruku titulu u povijesti kluba. U toj sezoni, 1999./2000., Oliver Kahn je bio proglašen njemackim igracem godine.
Još veci uspjeh stigao je u sezoni 2000./2001. Stvari nisu izgledale dobro nakon ranog ispadanja iz kupa od niželigaša Magdeburga, ali nakon 34 bundesligaške utakmice, Bayern je ponovno bio na vrhu, a ponovno je viðena dramaticna završnica, buduci da je naslov donio gol Patricka Anderssona za izjednacenje protiv Hamburga u doslovno posljednjoj sekundi utakmice, cime su zadržali prednost ispred Schalkea cija je utakmica u tim trenucima vec bila završena i ciji su navijaci vec bili poceli slaviti naslov, ali slavlje je trajalo samo cetiri minute.
Ispunjeni samopouzdanjem nakon napetog finala, Bavarci su otputovali u Milan na finale Lige prvaka protiv Valencie, koje je na rasporedu bilo 23. svibnja 2001. godine. Bayern je cijele europske sezone bio u svojevrsnoj osvetnickoj misiji, izbacivši najprije Manchester United u cetvrtfinalu, te Real u polufinalu. Oliver Kahn je u Milanu bio centralna figura veceri, buduci da je obranio tri jedanaesterca igracima Valencie, nakon što je utakmica završila rezultatom 1:1, cime je Bayern po cetvrti put postao prvakom Europe, 25 godina nakon posljednjeg takvog uspjeha.
Sezona 2001./2002. nije izgledala previše dobro, iako je Bayern i tu sezonu završio sa osvojenim trofejem. Borussia Dortmund i Bayer Leverkusen su u prvenstvu završili ispred Bayerna, a Schalke je bio bolji u polufinalu kupa. Ipak, pogodak Sammya Kuffoura donio je pobjedu u finalu Interkontinentalnog kupa protiv Boca Juniorsa u studenom 2001., cime je Bayern po drugi put osvojio naslov svjetskog klupskog prvaka.
Najtrofejniji njemacki klub osvojio je novi bundesligaški naslov u sezoni 2002./2003., sa prednošcu od cak 16 bodova ispred Stuttgarta, a u finalu kupa stigla je pobjeda od 3:1 protiv Kaiserslauterna. U kopacke Stefana Effenberga je uskocio Michael Ballack, koji je te sezone osvojio i naslov najboljeg nogometaša Njemacke. Jedino razocarenje bilo je ispadanje vec u grupnoj fazi Lige prvaka.
2004. -
Novi stadion i prilika za novi uzlet
Hitzfieldova era završila je neslavno 2004. godine, a izmeðu ostalog, momcad je tada doživjela i poraz od drugoligaša Alemannie Aachen u drugom kolu kupa.
Pred pocetak sezone 2005./2006. Bayern je zajedno sa gradskim rivalom Munchenom 1860. preselio na novi stadion, Allianz Arenu, a u ljeto 2006. Munchen 1860. je morao svoj dio vlasništva na dstadionom prodati Bayernu zbog financijskih problema, tako da je Bayern danas vlasnik jednog od najmodernijih svjetskih stadiona, iako se u oba kluba nadaju da ce Munchen 1860. ipak uskoro otkupiti svoj dio vlasništva nazad.
Na klupi je danas ponovno Ottmar Hitzfield, koji se vratio u sijecnju 2007. godine, nakon što je otpušten Felix Magath zbog niza loših rezultata, nakon što je u prethodne dvije sezone donio dvije uzastopne dvostruke titule u domacem kupu i prvenstvu.
Sezona 2006./2007. donijela je niz razocaranja. Osim toga što su u domacem prvenstvu završili tek cetvrti, propustili su priliku sljedece sezone se natjecati u Ligi prvaka, a blizu naslova nisu bili niti u kupu. Veliki broj ozljeda doprinio je takvom razvoju situacije, tako da ce sljedece sezone momcad igrati u Kupu UEFA.
No, u klubu ovaj korak unazad vide kao priliku za novi veliki zalet i izgradnju nove momcadi koja ce sljedecih sezona ponovno harati njemackim nogometom. Iz kluba je otišlo nekoliko igraca, ali su pocela stizati i pojacanja poput italijanskog reprezentativca Luce Tonija, te jednog od najtraženijih igraca ove sezone, Francka Riberya. Na klupi je i dalje Ottmar Hitzfield, koji je u svom prvom periodu, od 1998. do 2004. godine osvojio cetiri naslova prvaka Njemacke, dva domaca Kupa i Ligu prvaka u sezoni 2000./2001.
